首先，尝试通过MATLAB的图形用户界面（GUI）来中断程序。点击工具栏上的“停止”按钮（通常是一个红色方块图标），这将尝试中断当前正在执行的代码。如果此方法无效，可能是因为程序已经完全卡住或者处于深层次的嵌套调用中。
接下来，可以尝试使用快捷键组合Ctrl+C来中断程序执行。这种方法适用于大多数情况，并且比手动点击停止按钮更为迅速有效。不过，在某些极端情况下，即使按下Ctrl+C也无法立即停止程序。
当上述两种方式均未能成功终止程序时，则需要采取更高级的操作。打开任务管理器（Windows系统下按Ctrl+Shift+Esc可以直接打开），找到MATLAB相关的进程，选中后点击结束任务。请注意，这样做可能会丢失未保存的数据，因此在执行前请确保重要数据已妥善备份。
为了避免类似问题的发生，在编写MATLAB脚本时应尽量加入错误处理机制，例如设置最大运行时间限制等。此外，合理规划算法逻辑，避免不必要的复杂度，也是减少程序长时间运行概率的有效手段。
总结来说，面对MATLAB程序长时间运行的问题，先从软件内部寻找解决方案，如使用“停止”按钮或快捷键；若仍无效，则可通过操作系统层面强制结束进程。同时，预防措施同样重要，良好的编程习惯能够显著降低此类问题出现的可能性。
