故事中，苏小兮意外穿越到了清朝，遇到了才华横溢但命运多舛的陈修杰。两人从最初的互相排斥到逐渐产生感情，经历了一系列波折和考验。在剧中，他们的爱情不仅仅是个人情感的体现，更反映了不同文化背景下的价值观碰撞与融合。
随着剧情的发展，苏小兮和陈修杰的感情日益深厚，但也面临着重重困难。一方面，苏小兮需要适应这个陌生的时代，并找到回到现代的方法；另一方面，陈修杰则要面对家族的压力以及自身命运的安排。两人的关系在一次次挑战中得到了升华。
到了结局部分，苏小兮终于找到了返回现代的方式，但她却不得不做出选择——是留在过去陪伴心爱之人，还是回到属于自己的时代继续生活？最终，在一番内心挣扎后，苏小兮决定追随自己的内心，选择了与陈修杰共同面对未来。虽然这意味着她将永远告别熟悉的世界，但她相信真爱能够跨越一切障碍。
整部剧以温暖而感人的基调收尾，不仅给观众带来了视觉上的享受，更重要的是传递了关于勇气、坚持以及真挚爱情的力量。这种积极向上的主题使得《相爱穿梭千年》成为了一部值得回味的经典之作。
