在企业设立和运营过程中，依法进行公司登记是确保其合法性和规范性的基础。根据《公司登记管理条例》以及《公司登记管理条例实施细则》的相关规定，企业在设立、变更、注销等环节中，若未按照法定程序办理相关手续，将面临相应的法律后果。

首先，《公司登记管理条例》明确规定了公司设立的基本条件和程序。企业必须向工商行政管理机关提交真实、完整的申请材料，并按照规定的流程完成注册登记。如果企业在设立过程中存在隐瞒事实、提供虚假材料或未按要求提交文件的情况，相关部门有权依法予以处罚，甚至撤销其登记。

其次，《公司登记管理条例实施细则》进一步细化了各项登记事项的具体操作要求。例如，在公司变更登记时，如经营范围、股东信息、注册资本等发生变动，企业必须及时向登记机关申报并办理变更手续。若企业未按规定办理变更登记，可能被认定为“未依法办理变更登记”，从而受到警告、罚款甚至吊销营业执照的处罚。

此外，对于公司注销登记，也有一套严格的程序要求。企业在决定终止经营前，应依法清算并办理注销登记。若企业未履行清算义务或未按规定办理注销手续，可能会被视为“擅自停业”或“非法经营”，进而影响企业的信用记录，并可能承担相应的民事或刑事责任。

综上所述，《公司登记管理条例》及其实施细则对企业在设立、变更、注销等环节中的行为提出了明确的法律要求。企业应高度重视相关法律法规，严格遵守登记程序，以避免因违规操作而带来的法律风险。同时，建议企业在日常经营中加强内部合规管理，定期审查自身登记事项，确保经营活动始终处于合法合规的轨道上。