在财税领域中，关于水利建设基金的计税依据问题一直备受关注。具体来说，水利建设基金是以企业的含税收入还是不含税收入作为计算基础？这一问题关系到企业实际缴纳金额以及财务成本的核算，因此具有重要的实践意义。

从理论层面来看，水利建设基金的设计初衷是为了支持国家水资源保护和基础设施建设，其本质是一种专项用途的政府性基金。然而，由于我国税制体系复杂且各地执行标准可能存在差异，对于计税依据的具体定义往往需要结合相关法律法规进行分析。

根据现行规定，《财政部关于征收地方水利建设基金有关问题的通知》（财综〔2011〕2号）明确指出：“地方水利建设基金的计费基数为企业或单位的实际销售收入或营业收入。”这里提到的“实际销售收入”通常是指扣除增值税后的净额，即不含税收入。因此，在大多数情况下，水利建设基金应以不含税收入为计税依据。

不过需要注意的是，不同地区可能会根据实际情况出台补充政策。例如，某些省份允许将部分特殊行业或特定类型的收入按照含税方式计算水利建设基金。这种灵活性体现了地方财政管理的多样性，但也增加了企业在操作过程中的不确定性。

此外，随着营改增等税收改革措施的推进，企业需进一步厘清自身业务链条中涉及的各种税费关系。特别是在涉及跨区域经营或多环节交易的情况下，如何准确界定计税范围成为关键点之一。建议相关企业密切关注当地主管部门发布的最新通知，并及时咨询专业税务顾问以确保合规性。

总之，现阶段水利建设基金主要以不含税收入为计税依据，但具体情况还需结合当地实际政策予以确认。对于广大纳税人而言，加强学习与沟通是应对复杂财税环境的最佳策略。同时，希望未来能够出台更加统一规范的标准，为企业提供更清晰的操作指引。